El instituto dominicano de seguros sociales, fue fundado el 24 de octubre de 1951, por decreto del entonces presidente rafael leónidas trujillo molina. para brindar atención de ginecología y obstetricia, a las trabajadoras aseguradas, se habilito un área dentro del hospital salvador b. gautier, ubicado en la calle alexander fleming en el distrito nacional.
En el 1959, con la expansión de los servicios que brindaba el idss la dirección general tuvo la necesidad de ofrecer los servicios maternos infantiles en la segunda planta del hospital francisco mocoso puello, los cuales se ofertaron en ese lugar durante 6 años. en el 1965, fueron trasladados a la avenida bolívar #289, en la antigua clínica dr. mañón y asociados la cual fue adquirida por el idss, procurando mejorar la atención a las embarazadas.
El día primero de abril de 1965 nació el hospital materno infantil dr. emilio perdono del idss (este nombre en honor a un profesional distinguido de la medicina).
La primera junta directiva que rigió los destinos de la nueva institución estuvo compuesta por los doctores: jaime guzmán vidal (director), luis asilis (jefe de obstetricia), nelson calderón (jefe de pediatría).
Las necesidades de la atención cada vez más exhaustivas, el crecimiento poblacional de los asegurados (as), el regreso del extranjero de médicos especialistas, colocaron a la institución en nivel de alta complejidad, surgiendo las residencias médicas de ginecología y obstetricia (1979), perinatología y analgesia obstétrica (1981), citopatología ginecología y recientemente endocrinología ginecológica.
El 15 de septiembre del 2001, se inauguró un anexo de seis niveles integrándolo al antiguo edificio, este último fue remodelado y adecuado de tal manera que los recursos humanos que laboran en la institución y las usuarias que demandan atención se sientan más confortables y satisfechas.